Cette restauration intervient sur Hautes instructions de S.M. le Roi Mohammed VI, Amir Al Mouminine, qui a ordonné qu'une attention particulière soit accordée notamment au Minbar séculaire de la Mosquée.

Les travaux de restauration de ce joyau architectural, situé au cœur de la médina de Fès, ont nécessité un budget totalisant 27 millions de dirhams.

Les gros travaux ont concerné notamment les coupoles, les poutres, les dômes et les portes, ainsi que le Sahn (cour). Il a été procédé ainsi au décapage de la chape et au revêtement du sol de la salle de prière, à la réfection des arcades fissurées de cette salle ainsi qu'à l'application du mortier de chaux sur les soubassements des piliers.

Les travaux ont également porté sur le décapage et le nettoyage de dix portes extérieures, des "derbouzes" réalisés en moucharabieh et des coupoles des deux pavillons, en plus de la restauration au niveau du Mihrab assaïfi et le nettoyage de "Bab Achamaïne" et Bab "El Ward".

Au cours de ces travaux, des vestiges archéologiques inédits et des motifs décoratifs inconnus à ce jour, ont été découverts. Les fouilles entreprises, sur une superficie de 172 m2 environ, ont permis de dégager notamment des murs de maisons d'habitation avec des spécimens de décor peint sur plâtre qui remontent, selon les archéologues, aux phases antérieures à l'agrandissement de la Mosquée par les Almoravides (529 Hégire./1134 après J.C) et devaient dater des premières années de construction de l'édifice religieux (245 H/859 après J.C).

Construite en 245 de l'Hégire par une femme pieuse Fatima Fihria, fille d'un riche négociant, la mosquée petite à ses débuts, s'est agrandie au fil des siècles pour atteindre sa grandeur actuelle et devenir un carrefour incontournable des oulémas et autres savants du monde Arabo-Musulman.

Centre des sciences et de l'érudition, la Mosquée va conférer à la cité Idrisside le titre de capitale spirituelle de l'occident musulman après l'éclipse des villes de Kairouan et de Cordoue. Edifice de prière à ses débuts, université par la suite, la Mosquée ne dépassait pas au départ les 1248 m2. Elle fut agrandie et transformée par nombre de dynasties qui ont régné au Maroc.

Sa grande cour (sahn), dallée de marbre et de zellige, date de l'époque Almoravide. Les Almohades y ont placé un lustre monumental.

Les Mérinides ont notamment doté la Mosquée d'une chambre pour le "Mouaqqite" et d'une bibliothèque qui devait en faire un des foyers intellectuels les plus brillants de l'Islam.

La dynastie Alaouite a maintenu la tradition universitaire à l'intérieur de la Mosquée en la dotant d'une 2e bibliothèque et s'attelant à la restauration de ses documents et manuscrits.

Témoin de la grandeur architecturale de la civilisation arabo-musulmane, la mosquée comprend 16 nefs ornées chacune de 21 arcs qui partagent les espaces et un oratoire Zénète au style hispano-mauresque.